由于腎結石比其他任何部位結石更易直接損傷腎臟，因此早期診斷對腎結石患者來說非常重要，對任何尿石患者的診斷都應包括患者病史，如有沒有結石、結石的數量、結石的部位、結石可能的成分、有無合并癥及結石形成的原因等，除此之外患者的體征也是診斷腎結石的重要依據。
病史
由于腎結石是多因素的疾病，因此患者的病史對診斷腎結石可起到重要的作用。應盡量詳細地了解職業、飲食飲水習慣、服藥史，既往有無排石的情況及有無痛風、原發性甲狀旁腺功能亢進等病史。具體包括飲食和液體攝入，如肉類、奶制品的攝入等;藥物;感染，如尿路感染;全身疾病，如原發性甲狀旁腺功能亢進、腎小管酸中毒、痛風、肉狀瘤病等都可以引起腎結石;既往的手術史。
體征
一般情況下腎結石患者并沒有明確的陽性體征或僅有輕度的腎區叩擊痛。腎絞痛發作時，患者軀體屈曲，腹肌緊張，脊肋角有壓痛或叩痛。腎絞痛緩解后，也可有患側脊肋角叩擊痛。腎積水明顯者在腹肌放松時可觸及增大的腎臟。