(一)、遺傳因素 尿道下裂發病有較明顯的家族傾向。有報道尿道下裂患者中染色體畸變率明顯高于正常人群。還有人認為性別分化相關基因突變如雄激素受體基因(AR)和性別決定基因(SRY)突變和尿道下裂的關系密切。
(二)、環境因素 有研究發現在妊娠早期用過孕酮保胎藥物或其它藥物等及冬天受孕的胎兒中尿道下裂的發生率較高。
(三)、激素因素 胎睪中產生的激素影響男性外生殖器的形成，其形成約在胚胎第14周完成。而這個發育過程是需要雙氫睪酮的刺激來完成的。雙氫睪酮是由胎兒睪丸分泌的睪酮在5α-還原酶的作用下轉化而來。因此，在胎兒陰莖形成過程中，凡是睪酮產生不足，過遲或睪酮轉化為雙氫睪酮的過程中出現異常均可導致生殖器畸形。