腎結核癥狀與病菌侵犯的部位，以及腎臟、輸尿管、膀胱病變的程度有關，早期時往往沒有任何明顯的癥狀，只是化驗尿液時才發現一些異常，如尿呈酸性，可見到少量蛋白、紅細胞、白細胞，尿中還可查出結核桿菌，病人一般多是偶然體檢時發現。隨著病變進一步發展，才慢慢出現以下癥狀：
1、尿頻
尿頻是大多數病人最早出現的癥狀，開始時主要夜間小便變得頻繁，之后白天小便次數也逐漸增多，由每天三、五次逐漸增多至十多次，最嚴重的時候，幾乎是不能離開廁所，因為一直會想解小便。小便時還會伴有灼熱感和尿急。剛開始的尿頻是由于含有膿細胞及結核桿菌的尿液刺激膀胱所引起，以后則是由于膀胱也感染到結核菌引起。
2、血尿
血尿也是腎結核的重要癥狀，多在尿頻、尿急、尿痛等癥狀后出現，但也有些病人一開始就出現血尿。血尿有可能來自腎臟，但多數來自膀胱。病人常為終末血尿，多是由于小便時膀胱收縮使得結核病灶出血所致。少數病人由于結核病變侵及腎臟血管，從而出現全血尿，不伴有任何癥狀，如果腎臟出血嚴重，尿中的血凝塊可引起腎絞痛。
3、膿尿
腎結核病人一般都有不同程度的膿尿，嚴重時尿液看上去像淘米水樣，尿中含有乳酪樣的碎屑或紊狀物，顯微鏡下可見到大量膿細胞，尿中有時可混有血液，呈膿血尿。
4、腰痛和腫塊
雖然腎結核主要病變在腎臟，但腎臟局部的癥狀卻不多見，僅有少數腎臟受到嚴重破壞、梗阻，或輸尿管被血塊、乳酪樣壞死物堵塞時，可引起腰部鈍痛或絞痛，腎區摸到腫塊。
5、生殖系統結核
腎結核往往會同時侵及生殖系統，半數以上的男性患者會同時合并生殖系統結核。雖然病變主要從前列腺、精囊開始，但臨床上表現最明顯是附睪結核，附睪可摸到不規則的硬塊，輸精管結核病變時，變得粗硬并呈“串珠”樣改變。
6、全身癥狀
全身癥狀大多不明顯，只有在腎結核晚期，或同時還存在其他器官結核時，病人才出現發燒、盜汗、消瘦、貧血、虛弱、食欲不振等典型的結核癥狀。嚴重的雙側腎結核，或腎結核對側腎積水時，病人可出現貧血、水腫、惡心、嘔吐、少尿等慢性腎功能不全的癥狀，甚至突然發生無尿。