不同的錯合畸形有不同的最佳矯治時期，可向專業正畸醫師咨詢。對可能會影響頜骨發育的錯合畸形(如反頜和口腔不良習慣)要進行早期治療。乳牙反頜一般在患者3-4歲時開始矯治，采用活動矯治器，通常3-6個月就可以矯正過來，但有一些患者在替牙期或恒牙早期會復發，需密切觀察。口腔不良習慣如吮下唇、咬指甲、吃大拇指等一經發現需及時采取一些方法阻斷。在替牙期，像反頜、下頜后縮、口腔不良習慣等要早期治療，而不要等到牙齒都換完。
大多數錯合畸形可在恒牙初期進行矯治，女孩一般在11-13歲左右，男孩一般在12-15歲左右。此時恒牙列基本建立，顱頜面尚有部分潛力，代謝功能好，牙的移動效果最顯著，所以這個時期是正畸矯治的“黃金時期”。
對于嚴重的骨性錯合畸形，則需要等到完全發育成熟后(約在18-20歲)進行正頜手術治療，才能達到滿意的療效。