心包腫瘤的臨床診斷并非困難，但以心包病變之癥狀為首發表現的部分患者，常易延誤診斷。當原發腫瘤病變以確定，而出現心包積液，心律失常等，且不能以心臟原發病變來解釋時，應高度警惕轉移性心包腫瘤的可能，確診有賴于通過心包液檢出惡性腫瘤細胞。但應多次細胞穿刺抽液，且應盡量抽盡，行病理檢查，對及鑒別診斷具有重要意義。超聲心動圖及心包腔內充氣造影對診斷及鑒別診斷亦有較大的幫助。
心包腫瘤易誤診為結核性心包炎，需嚴格鑒別，而誤診為此病的原因主要有以下幾點可能性：
(1)兩者均可發病較隱襲，心包積液癥狀可輕可重。
(2)均可出現逐漸消瘦、低熱。
(3)兩者均可出現血性心包積液。
(4)結核性心包炎為過去國內最為多發的心包疾病。
(5)缺乏對心包轉移腫瘤的認識及警惕性。
另外本病還需與病毒性心肌炎、心包炎、心肌梗塞并發心包炎等相鑒別。