扁桃體炎可分為急性扁桃體炎和慢性扁桃體炎兩種。急性扁桃體炎是腭扁桃體的一種非特異性急性炎癥，常伴有一定程度的咽黏膜及咽淋巴組織的急性炎癥。主要致病菌為乙型溶血性鏈球菌、葡萄球菌等;腺病毒也可引起本病;另外，細菌和病毒混合感染的情況也不少見。其中，細菌感染可能是由外界細菌直接侵入的，也可能是隱藏于扁桃體隱窩內的細菌。當機體抵抗力因寒冷、潮濕、過度勞累、體質虛弱、有害氣體刺激等因素驟然降低時，細菌繁殖就會加強并引發扁桃體炎。如治療時間短，造成治療不徹底的話就會引起反復發作。
慢性扁桃體炎是扁桃體的慢性炎癥，多由急性扁桃體炎反復發作引起或因隱窩引流不暢，而致扁桃體隱窩及其實質發生慢性炎癥病變，也可能發生于某些急性傳染病之后。