最簡單而有意義的檢查是反復多次查大便常規，根據大便鏡檢白細胞的有無及多少，可初步區分感染性腹瀉或非感染性腹瀉。其次是病原學檢查，各種細菌培養、查阿米巴原蟲及病毒等，有些項目需要有一定條件，但如獲陽性結果，有確診意義，并可指導治療。此外，尚可進行下列檢查：
(1)肛門指診
簡單易行，直腸癌大部分在直腸，均可通過肛門指診觸及，故對于診斷直腸癌極有意義。
(2)乙狀結腸鏡檢查
簡單易行，檢查1次只需5分鐘，痛苦小，可直接看到腸粘膜病變，并可在檢查過程中取腸粘膜活檢及作腸拭子細菌培養，陽性率高，故對于鑒別診斷意義大。
(3)纖維腸鏡檢查
可以從肛門看到回盲部，視野清晰，檢查全面、直接，可以發現比較輕微、范圍小的病變，可攝片、拍電影錄像，是最有意義的鑒別診斷方法，值得推薦。目前纖維腸鏡在全國范圍內比較普及。部分患者在檢查過程中感到腹痛明顯，偶有誘發冠心病者或導致腸穿孔，但只要術者細致，是可以避免的。
(4)鋇灌腸
部分患者，腸道狹窄或痙攣，腸腔不易通過，需要進行鋇灌腸。可觀察全結腸病變，且鋇灌腸更為安全，痛苦小，可彌補纖維腸鏡之不足。