衣原體的感染或呈隱性感染或臨床癥狀非特異，故本病的診斷有賴于實驗室檢查。
1.顯微鏡直接檢查
黏膜表面拭子或刮片分泌物找包涵體及衣原體原始小體。
2.組織細胞培養分離衣原體
取結合膜標本或支氣管肺泡灌洗液作細胞培養分離衣原體，特異性高鵻但條件要求較苛刻且操作繁瑣。
3.衣原體抗體
血清或分泌物查衣原體抗體應用最廣。
(1)免疫熒光試驗健康搜索：微量免疫熒光試驗(microimmuno fluorescence testMIF)主要用于沙眼衣原體的診斷與定型健康搜索。
(2)酶聯免疫測定法EIA鵻：敏感性80%～90%鵻，特異性>95%
(3)PCR法健康搜索：與傳統的組織細胞培養相比敏感性可達90%特異性可達99%
4.血象
嗜酸粒細胞增多>400/mm3。