抽搐應與窒息缺氧后腦水腫、低糖、低鈣、低鈉、低鎂血癥、維生素B6依賴癥、顱內畸形、感染、核黃疸等鑒別。肌張力低下應與先天愚型、重癥肌無力，先天性肌弛緩綜合征、心型或肌型糖原累積病等相鑒別。
顱內出血的腦性缺氧以呼吸淺表不規則或暫停為多見;而肺性缺氧以氣急、鼻煽和三凹征為主，給氧和啼哭后青紫改善;心性缺氧往往呼吸深度增加，吸氧后青紫如歸。抽搐應與窒息缺氧后腦水腫、低糖、低鈣、低鈉、低鎂血癥、維生素B6依賴癥、顱內畸形、感染、核黃疸等鑒別。肌張力低下應與先天愚型、重癥肌無力，先天性肌弛緩綜合征、心型或肌型糖原累積病等相鑒別。