(一)細菌性痢疾
亦多見于嬰幼兒，起病急，有陣發性腹痛、血便等，可能與腸套疊混淆。但痢疾排便次數多，含有大量粘液和膿血便，有里急后重，早期即有發熱，腹痛不如腸套疊劇烈而有規律，腹部也觸不到腫塊。糞便檢查可見大量膿細胞，培養有痢疾桿菌生長。鑒別常無困難，但值得注意的是，在細菌性痢疾的基礎上，因腸蠕動紊亂，也可并發腸套疊。
(二)急性壞死性腸炎
可表現為腹痛、嘔吐和血便，但該病多有腹瀉史，早期即可表現為腹脹、高熱和頻吐，大便頻繁，呈洗肉水樣，量較多，具有特殊腥臭味，全身情況惡化快，常表現嚴重脫水、皮膚花紋等休克癥狀。
(三)蛔蟲性腸梗阻
多見于較大兒童，可有陣發性腹痛、嘔吐，在腹部可觸及蛔蟲團，頗似臘腸樣腫塊，但其表面常呈條索狀，一般無血便。發病不如腸套疊急驟，多有排蛔蟲或不當驅蟲史。
(四)過敏性紫癜
多見于年長兒，多數有新鮮的出血性皮疹，伴有關節痛，有時伴有血尿。血便多呈暗紅色，腹部觸不到腫塊，這些癥狀有助于與腸套疊鑒別，有時本病可并發腸套疊，應引起注意，必要時應作X線檢查。