傳統的幾種手術方式Swenson、Duhamel和Soave及其各種改良術式受到挑戰，而腹腔鏡輔助下的直腸內結腸拖出術和單純經肛門直腸內拖出術日益受到廣大小兒外科醫生的接納和采用。此手術不但對患兒創傷小，切口美觀，而且有切除痙攣段黏膜徹底，吻合口低且能同時處理肛門內括約肌病變等優點。
手術的關鍵技術如下
①在齒狀線水平環周切開直腸黏膜，縫8-10根牽引線牽引直腸黏膜以便于辨認解剖層次。
②在黏膜下層向上游離直腸黏膜時，特別對于年長兒，可采用電凝分離該層次，以減少出血。
③當游離黏膜至10-15cm后，可見肌鞘套疊翻出，表明已達到腹膜返折以上水平，環周切斷肌鞘，并于后正中切除1cm寬的肌鞘。
④牽拉直腸，可顯示直腸和乙狀結腸系膜血管，然后一一予以結扎，直達乙狀結腸近端的正常腸管水平，并將其與肛周皮膚相吻合。
采用單純經肛門直腸內拖出術一般適用于短段型和痙攣段位于直腸和乙狀結腸的患兒(占75%左右)，對于長段型巨結腸，需借助腹腔鏡。腹腔鏡輔助手術的優點是：松解直腸和結腸系膜容易，可行多處腸壁活檢，確定無神經節細胞段準確等優點。