1.與苯丙酮酸尿癥相鑒別
苯丙酮酸尿癥是一組代謝疾病，智力損傷一般嚴重，出生時正常數月后即見患兒發育遲緩，易激惹，反應遲鈍，發黃，膚色白嫩，藍色虹膜，肌張力異常，共濟失調，腱反射亢進，尿中有特殊鼠臭味，已有早期(新生兒期)診斷方法，應及早給予治療。
2.與地方性克汀病(地方性呆小病)相鑒別
發生地方性甲狀腺腫流行區，兒童除智力低下外，體材均矮小，且不勻稱，反應遲鈍，并可伴言語、聽力障礙。體材下部短于上部量。體重低于同齡人，性發育亦遲緩等。宜早診斷早治療。
3.與各種染色體疾患相鑒別
可以檢查染色體，進行核型分析，有的有特殊體征，如21三體綜合癥的患兒，不論任何人種，都有共同特征：雙眼距寬，兩眼外角上吊，內眥贅皮，耳位低，鼻梁寬低，舌體寬厚，口張半張，舌伸向口外，舌面溝紋深而多，呈所謂“陰囊”舌。手掌厚而指短粗，末指短小，常向內彎曲。
4.與兒童孤獨障礙相鑒別
精神發育遲滯的兒童中合并孤獨障礙(Kanner)，孤獨癥患者突出表現更嚴重的社交發育障礙，和大量的社會行為偏移，其要獲得語言和學業技能更為困難，其預后較單純精神發育遲滯者差。此種患兒可以訓練。
5.嬰兒癡呆
3歲前智力各方面發育均屬正常，有的孩童在某種感染大病之后，有的并無明顯原因，在臨床上以智力倒退為特點，最后成為癡呆，預后極差。