任何細菌侵入尿路均有可能引起尿路感染，以大腸桿菌最為常見，約占60%～80%，其次為副大腸桿菌、變形桿菌、克雷白桿菌、產氣桿菌、產堿桿菌、糞鏈球菌、葡萄球菌或綠膿桿菌。偶爾還可由真菌、病毒、寄生蟲等致病。
上述尿感的致病菌，主要來自腸道平時就有的致病菌，或平素寄生在腸道內的條件致病菌。
感染的一般規律是，首次尿路感染，無癥狀的細菌尿，其致病菌常為大腸桿菌。而在住院期間得的尿路感染，有尿路梗阻者、用過多種抗菌藥物者、經導尿或膀胱鏡等器械檢查者，多為糞鏈球菌、變形桿菌、克雷白菌等感染。
綠膿桿菌尿感尤常見于器械檢查后，變形桿菌則多見于泌尿系結石，金黃色葡萄球菌常為血源性感染。近年來發現，血漿凝固酶陰性的金葡菌尿路感染，在生育期婦女多見，其發生多與性生活有關。