妊娠的母體若感染了細菌或病毒，會導致流產、習慣性流產，甚至新生兒出生缺陷。細菌或病毒感染胎兒的途徑有兩條：其一是母嬰傳播，即血循環中的微生物通過胎盤，傳至胎兒。其二是源于陰道的上行感染，即通過宮頸進入子宮和胎膜。感染有的發生在受孕時，有的則發生在受孕后不久。大多數病毒感染引起的先天性畸形是中樞神經系統畸形。由于早期妊娠是胎兒器官形成、分化時期，對外來因素的干擾最敏感，因此在妊娠期感染出現的越早，對胎兒損傷的結果也就越嚴重。可能引起習慣性流產的感染有。
1、衣原體、解脲支原體感染 它們是介于細菌和病毒之間的一類微生物，是一個新的感染菌群。這一感染可通過性傳播。因此，感染的夫婦雙方必須同時治療。妊娠期婦女宜用紅霉素類藥物治療。此感染可能無明顯臨床癥狀，但可以引起反復流產。
2、風疹、麻疹、腮腺炎、流感以及弓形蟲感染均可能引起流產。