腸炭疽的主要表現是腹痛和腹瀉，那么容易引起腸道細菌感染的疾病都有可能與腸炭疽相混淆，如急性菌痢、急腹癥等疾病。醫生會通過流行病學史及患者的具體癥狀做判斷，鑒別是否是腸炭疽。

　　盧聯合：腸炭疽剛才說的因為它是腹瀉、腹痛和腹瀉，很多的造成腹痛、腹瀉的疾病都可能會造成食物中毒，比如說這種腸道的細菌的感染都可能會和我們的腸炭疽相混。但是腸炭疽的話，它的癥狀會比較重，那么出現敗血癥的可能性會比較大一點。主要的鑒別方法就是關鍵是你有沒有這種流行病學史。就是說它在癥狀上很難去區分，尤其一開始的時候，關鍵是你有沒有這種接觸，你比如說我確實到過這種疫區，我接觸過這種可疑的動物，我接觸過這種包括這種皮毛等等這些病原體的時候有這種接觸，那么出現了腹瀉、出現腹痛或者出現血便的時候，那么一定要盡快去就醫，那么這個時候醫生會給你做相應的檢查，那么這種檢查看你的感染的可能病原，那么這時候才是一個最重要的鑒別手段，通過癥狀很難去鑒別。