雞內金的主要功效包括促進消化、緩解腹脹等，可以和山楂、神曲等促進消化的中藥一同服用。其次，雞內金還有一定的消炎殺菌作用，可以治療結石。對于腎虛導致的遺尿、遺精，也有很好的治療效果。

傳統中醫藥理論認為，雞內金味甘，性平；歸脾、胃、小腸、膀胱經。雞內金能健胃消食，廣泛用于各種食積不消以及小兒疳積。雞內金還有澀精止遺的功效，可用于治療遺精、遺尿。雞內金還能通淋化石，可用于砂石淋證、膽結石。現代醫學研究表明，雞內金含胃激素，角蛋白，胃蛋白酶，淀粉酶及多種維生素等。雞內金能提高胃液酸度，促進胃排空，增加胃液分泌量。水煎劑對加速排除放射性鍶有一定的作用。雞內金生品浸泡液外用，可以治療扁平疣、尋常疣；雞內金粉可用于放療或者化療后口腔潰瘍的治療；以雞內金代替羊腸線穴位埋藏，治療脊髓前角灰質炎后遺癥等均有比較好的療效。