糖抗原125偏高常見于惡性腫瘤及炎癥性疾病，尤其是卵巢惡性腫瘤，是引起糖抗原125偏高最常見的原因。其次，輸卵管腺癌、子宮內膜癌、宮頸癌、胰腺癌、腸癌、乳腺癌、肺癌等惡性腫瘤以及子宮內膜異位癥、盆腔炎、胰腺炎、肝炎、肝硬化等疾病也會引起糖抗原125偏高。此外，糖抗原125偏高也可能是生理性因素所致，多見于妊娠早期。糖抗原CA125來源于胚胎發育期體腔上皮，在正常卵巢組織中不存在，雖然其診斷的敏感性較高，但特異性相對較差，所以一般不單獨用于卵巢癌的早期診斷。