二階宮頸癌疫苗和四階宮頸癌疫苗的區別是預防的HPV病毒亞型不同，二階只能預防HPV16/18亞型，四價在二價的基礎上可以預防HPV6/11兩種低危型的病毒。二階宮頸癌疫苗推薦接種方案是0、1、6月，四階宮頸癌疫苗的推薦接種方案是0、2、6月。兩種疫苗的適用年齡不同，二階宮頸癌疫苗適用于9~45歲女性，四階宮頸癌疫苗適用于20~45歲女性。兩種疫苗都可以降低宮頸癌的發病率，但是四階宮頸癌疫苗還可以預防尖銳濕疣。