肝內膽管結石，是臨床上比較常見的膽石癥的一種類型。它的發生部位主要是位于肝內的膽管。那么其原因主要是，由于病人存在一些特殊的解剖性的因素，比如說患者左外葉和右后葉的膽管，它在匯合的時候形成了一個特殊的角度，導致膽汁在運行的時候不是很順暢，這樣就容易在膽管內形成結石。

另外，還有少數患者可能存在一些先天性的膽管的狹窄，在狹窄的近端會有膽汁的運行不暢，同樣也是造成結石形成的一個主要原因。

還有一些患者可能在小的時候發生過一些寄生蟲的疾病，這些寄生蟲可能進入到了肝內膽管，在寄生死后可能就會以寄生蟲的尸體為核心，逐漸形成了這種肝內的膽管結石。