一，可以導致結腸癌發病率升高，切除膽囊后，結腸癌發生的危險為未切除者的四到五倍。但這僅是統計資料結果，并無循證醫學證據。

二，當切除膽囊之后，有可能會造成肝損害和結腸損害，膽囊切除后，刺激膽酸增多，所產生的膽酸，經腸肝循環進入肝臟和結腸以后，會造成慢性的肝損害和結腸損害，而結腸損害很可能是結腸癌的一個原因。

三，導致膽管損傷，膽管損傷是膽道外科的非常疑難的并發癥，是膽囊切除的大缺陷，而內鏡保膽取石，是在膽囊腔內實行手術，根本不可能傷及器官，可以避免此并發癥。

四，可以誘發堿性反流性的胃炎，正常人進食后，膽囊收縮是膽汁集中大量進入腸道，這一過程與為十二指腸的蠕動是有規律的同步進行的，使膽汁持續進入腸道，而缺乏食物和胃酸的中和，膽汁可在十二指腸內積存而逆流入胃時，胃內的ph升高，細菌繁殖，粘膜充血水腫，增加胃腺體萎縮和潰瘍形成，切除膽囊后膽總管結石的發生率也可以增高。