嬰兒畸形的原因主要有遺傳、藥物因素、環境因素、感染性因素、不良生活習慣、輻射等等。

1.遺傳。遺傳因素是導致嬰兒畸形的常見原因。父母雙方存在染色體異常，則精子和卵子都有可能會存在缺陷，形成的受精卵也會受到影響，嬰兒就會出現先天性的發育畸形，比如唇腭裂、多指（趾）畸形等等。

2.藥物因素。若孕婦在懷孕早期有使用一些致畸性比較強的藥物，比如妊娠D類藥物以及妊娠X類藥物，都有可能會造成胚胎發育異常，嬰兒出生后就會存在先天性畸形。

3.環境因素。若孕婦長期生活在化學污染、重金屬污染比較嚴重的地區，則嬰兒畸形的概率會明顯升高。若孕婦長期生活在高原環境，嬰兒出現先天性心血管畸形的概率也遠高于正常孕婦。

4.感染性因素。若孕婦在懷孕期間存在巨細胞病毒感染、弓形蟲感染、風疹病毒感染，也有可能會造成嬰兒發育畸形。

5.不良生活習慣。若男女雙方在懷孕期間存在抽煙、酗酒等不良生活習慣，也會導致嬰兒發育畸形的概率升高。母親在孕期內吸入二手煙也有造成嬰兒畸形的可能性。

6.輻射。若母親在孕期頻繁接觸放射線，也有可能會引起嬰兒畸形。