電子鼻咽鏡檢查并不算痛苦。電子鼻咽鏡檢查是一種通過鼻腔進入咽喉部位進行檢查的方法，可以觀察咽喉炎、鼻竇炎、喉炎、皰疹等疾病的狀況。電子鼻咽鏡檢查的光束直徑較小，鏡頭也比較軟，進入時會有輕微不適，但不會引起明顯的疼痛。醫生在檢查時可以適當地加強麻醉噴霧，保證患者的舒適度。整個檢查過程比較快，一般只需要幾分鐘，對于大部分患者來說是可以接受的。

需要注意的是，患者在進行電子鼻咽鏡檢查前應該將飲食等管好，防止出現嘔吐等情況。另外，檢查前可以向醫生詢問相關注意事項及麻醉方式，以便更好地配合醫生進行檢查。