喉乳頭狀瘤的病因尚未明確，可能與人乳頭狀瘤病毒感染、喉部慢性刺激、內分泌失調等因素有關。

1、人乳頭狀瘤病毒感染

目前臨床大多認為該病與人乳頭狀瘤病毒感染有關系，以HPV16型、11型感染常見，其他感染亞型有16型、18型、31型、33型等。母體感染人乳頭狀瘤病毒后在分娩期間，胎兒會因為經過感染了HPV的子宮頸、陰道等產道而感染發病。

2、喉部慢性刺激

成年患者年幼時期發生HPV隱匿性感染，喉部長期有慢性炎癥刺激可能會導致發病。

3、內分泌失調

臨床上可見到青春期自然消失或復發，或是到更年期自行消退的患者。