早上起來嘴巴苦可能是膽囊炎、牙周炎、膽汁反流性胃炎等疾病引起的。病因不同，處理方式也不同，具體如下：

1、膽囊炎

膽囊炎會導致膽囊排泄膽汁功能出現異常，引起膽汁淤積。淤積的膽汁可能向上反流進入胃內進而到達口腔，由于膽汁味道較苦，因此表現為早上起來嘴巴苦。

膽囊炎患者可使用氨基芐青霉素、氯林可霉素、頭孢呋辛等抗生素進行治療，能夠控制感染，預防菌血癥和化膿性炎癥的發生。重癥患者可考慮行膽囊切除術、膽囊造口術等手術方法進行治療。

2、牙周炎

牙周炎患者牙齒之間有牙結石存在，結石表面能夠吸附大量細菌，細菌在生長過程中會分泌大量苦味物質，因此患者可出現早上起來嘴巴苦的癥狀。

患者可口服硝基咪唑類、四環素類、青霉素類等抗生素殺滅牙周袋內致病菌，從而改善癥狀，對于出現耐藥的患者，可外用醋酸氯已定溶液進行治療。

3、膽汁反流性胃炎

膽汁反流性胃炎患者，膽汁會反流至胃部和口腔，從而出現早上起來嘴巴苦的現象。

患者可使用促胃動力藥、抑酸劑、胃黏膜保護劑等藥物進行治療。針對幽門螺桿菌感染引起的膽汁反流性胃炎患者，可使用蘭索拉唑、果膠鉍、甲硝唑、青霉素等藥物進行治療。重癥患者考慮行胃空腸Roux-en-Y術、Henley空腸袢替換術等手術方法進行治療。