偏頭痛伴有眼睛流淚可能是遺傳因素、神經(jīng)細胞興奮性紊亂、內(nèi)分泌紊亂等原因引起的，具體如下：

遺傳因素：偏頭痛可以常染色體顯性遺傳，一部分偏頭痛患者攜帶有突變的基因，可以將突變的基因遺傳給下一代，導致下一代發(fā)病，發(fā)作時伴有眼睛流淚的癥狀。

神經(jīng)細胞興奮性紊亂：體內(nèi)有突變的基因?qū)е律窠?jīng)細胞興奮性紊亂，引起神經(jīng)電活動抑制帶擴展，影響腦血流量，腦血管因為缺血而痙攣導致偏頭痛發(fā)作，有眼睛流淚的癥狀。

內(nèi)分泌紊亂：雌激素分泌減少導致內(nèi)分泌紊亂，雌激素水平下降會產(chǎn)生致痛性物質(zhì)，造成偏頭痛發(fā)作，患者因為疼痛難忍而眼睛流淚。