第一代試管嬰兒和第二代的區別主要表現在適應癥以及手術操作等。

1、適應癥

第一代試管嬰兒主要是針對中度和部分重度的男性弱精癥、畸形精子癥以及女性的子宮內膜異位癥、多囊卵巢綜合癥、卵巢梗阻等適應癥；而二代試管嬰兒在一代試管嬰兒的基礎上進行優化，主要針對男性重度的少、弱、畸形精子癥、先天性無輸精管、免疫性不育、體外受精失敗的情況。

2、手術操作

第一代試管嬰兒主要是使用藥物促進多個卵泡成熟發育，再進行取卵處理，再將精子和卵子結合培養成胚胎，胚胎形成后送入宮腔進行妊娠。第二代試管嬰兒是先對精液中的精子進行篩選，選擇質量好的精子與卵子結合，再送入宮腔中。