貝赫切特綜合征的病因并不明確，但是可能和感染、遺傳、環境等因素有關。

1、感染

該病可能和單純皰疹病毒、丙型肝炎病毒、鏈球菌、幽門螺桿菌、大腸埃希菌等多種病原體感染腸道有一定的關系，微生物感染可損傷腸黏膜，加大患病風險。

2、遺傳

該病具有一定的家族聚集性，家族中有人患病，其他成員患病的風險也會比較高。

3、環境

長時間食用含有農藥的水源或食物，特別是銅元素含量較高的食物，可能會誘發該病。