牙髓炎封藥后出現疼痛的原因有失活劑刺激、繼發感染、藥物吸收等，具體如下：

1、失活劑刺激

失活劑對神經有刺激作用，如果在使用過程中用量過大，會導致患者出現明顯的不適感。因此，在進行封藥時，應嚴格控制失活劑的劑量，以減少患者的不適反應。

2、繼發感染

繼發感染是指原本存在的炎癥或其他病理狀態基礎上發生的新的感染。如果牙髓炎沒有得到及時處理，細菌可能進一步侵入并引起繼發性感染，從而引起疼痛。

3、藥物吸收

當牙髓受到刺激或受損時，可能會增加藥物吸收的速度和程度，從而引起局部的化學性炎癥反應，導致疼痛。