得甲流以后孩子腿疼是不是會自愈要根據具體情況分析。

當甲型流感病毒侵入人體后，免疫系統會被觸發，并釋放大量的炎癥介質，如緩激肽和前列腺素。這些炎癥介質是導致甲流感染后肌肉酸痛的主要原因。當體內病毒被清除，炎癥介質的分泌也會停止，此時肌肉酸痛的癥狀通常會逐漸消失。所以，該癥狀具有一定的自愈性。

然而，如果肌肉酸痛癥狀嚴重，可以使用布洛芬等鎮痛藥物來緩解癥狀。這類藥物能夠抑制炎癥介質的分泌，從而減輕疼痛和不適感。

藥物治療可以縮短病程并減輕癥狀，所以建議癥狀嚴重的患者及時就醫，接受專業治療。