甲流不燒了但一直咳嗽可能有多種原因，以下是可能的解釋：

1、呼吸道黏膜修復

甲型流感病毒會侵犯呼吸道黏膜，引起呼吸道的急性炎癥反應，出現(xiàn)充血、水腫，以及黏膜受損等情況。退燒后，黏膜在修復的過程中會產(chǎn)生壞死性的物質(zhì)，有可能引起咳嗽的癥狀。

2、病毒未完全清除

若患者體內(nèi)的甲流病毒未完全清除，也可能出現(xiàn)退燒后仍然咳嗽的情況。

3、繼發(fā)細菌感染

若患者在退燒后出現(xiàn)頑固性咳嗽，還有咳痰、咳黃痰等癥狀，有可能是繼發(fā)細菌感染。