扁平疣治療方法為外用藥物、物理治療、手術治療等。

1.外用藥物

維A酸乳膏是一種常用的外用藥物，可調節表皮角質形成細胞的有絲分裂，促進扁平疣消退。咪喹莫特乳膏具有免疫調節作用，可刺激局部免疫反應，有利于清除HPV。氟尿嘧啶軟膏能抑制細胞的增殖和分化，對扁平疣有一定的治療效果。

2.物理治療

冷凍治療利用低溫作用于疣體，使組織壞死、脫落。激光治療是通過激光的熱效應去除疣體。電灼治療是利用電流產生的高溫去除疣體。

3.手術治療

疣體夾除術對于數量較少、較大的扁平疣，可以通過手術直接夾除疣體。