肛瘺不治療可能會引發多種嚴重后果，如反復發作、復雜性肛瘺、影響生活質量、肛管直腸周圍膿腫等，還可能自愈，因此肛瘺應遵循早期治療的原則。

1.肛瘺可能會反復發作，流膿流水，污染內褲，有時膿液刺激肛周皮膚，會引起瘙癢或濕疹。

2.肛瘺反復發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而形成多發性、復雜性肛瘺，不但給治療帶來困難，而且也影響到肛門的正常生理功能。

3.肛瘺長期得不到治療會嚴重影響患者的生活質量，甚至會導致貧血、身體消瘦、精神不振等全身癥狀。

4.肛瘺若久拖不治，還可能會導致肛管直腸周圍膿腫的發生，給患者帶來更大的痛苦。

肛瘺一旦形成，自愈的機會極少，并帶來一系列的危害，因此，肛瘺應遵循早期治療的原則。