先天性膽總管囊腫原因包括先天性發育不良、膽道梗阻、神經嵴細胞異常遷移等。

1.先天性發育不良

膽總管在胚胎期發育過程中，因為某些原因導致膽總管壁發育不完全或中斷，從而形成膽總管囊腫。

2.膽道梗阻

先天性膽道閉鎖、膽總管結石等膽道梗阻性疾病，可導致膽汁排泄不暢，進而引起膽總管擴張，形成膽總管囊腫。

3.神經嵴細胞異常遷移

神經嵴細胞在胚胎發育過程中，若發生異常遷移，可導致膽總管管壁發育異常，從而引起先天性膽總管囊腫。

此外，遺傳因素、宮內感染、藥物等也可能與先天性膽總管囊腫的發生有關。