12歲女孩患卵巢囊腫的原因較為復雜，可能與以下因素有關。

1.遺傳因素

部分卵巢囊腫是常染色體顯性遺傳疾病，如家族性黏液性腫瘤綜合征。

2.內分泌因素

女孩在發育過程中，卵巢功能尚未完全成熟，此時若受到內源性或外源性的雌激素刺激，可能導致卵巢上皮增生，進而發展為卵巢囊腫。

3.生活方式

長期的飲食結構不合理、生活習慣不好、心理壓力過大等，可能導致機體功能紊亂，引發多囊卵巢綜合征，從而增加卵巢囊腫的患病風險。

4.環境因素

食物的污染，如蔬菜等使用的植物生長激素，如家畜家禽等配方飼養中瘦肉精類的激素成分，都會導致卵巢囊腫的發生。

需要注意的是，部分卵巢囊腫可能是惡性的，因此一旦確診，應及時就醫，采取相應的治療措施。