腸鏡檢查適用于多種下消化道癥狀和疾病的診斷和治療，包括不明原因的出血、腹瀉、腹部腫塊、中下腹疼痛、疑似腫瘤、結腸炎定期復查、結腸息肉內鏡治療、家族病史者以及長期服用NSAIDs等藥物者。

1.原因不明的下消化道出血，或經上下消化道內鏡檢查無陽性發現者。

2.原因不明的慢性腹瀉，排除其他原因者。

3.原因不明的腹部腫塊，不能排除大腸及回腸末端病變者。

4.原因不明的中下腹疼痛，排除其他原因者。

5.疑有良性或惡性結腸腫瘤，經X線檢查不能確診者。

6.慢性結腸炎，需定期結腸鏡檢查者。

7.結腸癌術后、大腸息肉術后需定期復查腸鏡者。

8.已發現患有結腸息肉，需內鏡下治療者。

9.家族中有大腸癌或大腸息肉病史者。

10.長期大量服用NSAIDs等藥物者。