由于PTL的發生與免疫抑制程度密切相關，預防的措施主要是減少病人應用過多的免疫抑制劑。一組82例腎移植兒童病人的資料顯示，1989～1992年的29例病人在用以FK506為基礎的抗排異方案治療后，其中5例發生了PTL，發病率為17%;1993～1996年的53例病人采取了快速減少FK506和糖皮質激素用量，而僅2例發展為PTL，即發病率降為4%。

目前抗EBV特異的細胞毒T細胞已預防性地用于高危發生EBV誘導的淋巴瘤的異基因骨髓移植受者中。此外，由于供者B細胞似乎是骨髓移植后EBV相關淋巴瘤的起源，去除供者B細胞可能也是一種較簡單的預防措施。