抗生素的不規范使用，一個方面是引起細菌耐藥，細菌耐藥產生的速度遠遠快于我們新藥開發的速度。長此以往，我們可能會退回到七、八十年代以前的狀態，沒有抗生素使用，人類將再一次面臨很多感染性疾病的威脅。比如，結核病是結核桿菌引起的傳染病，很多年前大家覺得控制得非常好，但是現在耐藥的結核菌非常多，治療起來就很困難。這就可能引起死亡率的增加，而且治療耐藥性結核花費的社會資源是治療一個非耐藥結核的十倍以上，造成的社會負擔是非常重的。第二個方面，抗生素也是藥物，進入人體以后發揮治療效果的同時也會引起很多的不良反應。用的藥物越多，引起不良反應的機會越高。
我國藥物不良反應監測中心的記錄顯示，我們國家的藥物不良反應三分之一是由抗生素引起的，這個比例和抗生素的使用比例是一致的。抗生素的種類比較多，引起的不良反應或者是嚴重的不良反應涉及到了身體的每一個系統，所以抗生素的合理使用是迫在眉睫需要解決的問題。
國家食品藥品監督管理局已下發了關于開展抗菌藥物合理使用的宣傳活動的通知，號召民眾不要自買抗菌藥，在醫生的指導下合理使用抗菌藥。這是對人民負責任的舉措，大家應該積極參與，不只是專業的醫務人員需要合理地使用抗生素，普通的民眾和患者也要有合理使用的意識，要在醫生的指導下使用，不要盲目地自己購買抗生素使用。這樣才能促進我們國家抗生素的合理使用，避免藥物的不良反應，細菌耐藥的不斷加劇。
