不孕：40%-50%的子宮內膜異位會導致不孕。子宮內膜異位可使盆腔粘連、輸卵管堅硬甚至梗阻、激素的代謝功能異常及免疫功能異常，導致孕卵逆行與子宮內膜不同步，或使孕卵本身逆行受阻而發生不孕。所以，不孕癥患者行輸卵管造影診斷輸卵管不通時，要考慮是否有此病的存在，這樣的患者必要時要做腹腔鏡檢查以明確診斷，特別是對盆腔檢查和超聲檢查均沒有陽性體征的不育患者行腹腔鏡檢查是診斷此病和臨床分期的佳方法。
月經失調：受異位的子宮內膜侵犯，卵巢實質組織被破壞，使激素代謝受影響，出現月經紊亂和經期陰道流血增多，個別還會出現經前期點滴出血。這樣的患者要注意排除是否合并子宮腺肌癥和子宮肌瘤。
性交疼痛或者性交不適：多數病灶在子宮直腸陷窩處，有些患者子宮后位固定并性交不適或疼痛的患者要注意是否存在此病。異位的子宮內膜使周圍組織腫脹，當性交時由于受陰莖抽動碰撞及子宮收縮和向上提升引起疼痛，以月經前期較為明顯，而且一般多表現深部性交痛。
卵巢腫瘤：卵巢是異位的子宮內膜愛“居住”的場所，每當月經來潮，異位到卵巢的子宮內膜也會隨著子宮腔內的子宮內膜發生改變，隨著子宮內膜剝脫形成月經，異位到卵巢的子宮內膜也會局部出血，血液在卵巢存留，而且會越存越多，隨后，包塊就會不知不覺形成，并在后形成顏色像巧克力一樣的囊腫——稱為巧克力囊腫。
