元代統治者對回回藥物很感興越，如自波斯等地運入的橄欖油，他們“皆以重階收買之，寶藏之，視若無上之藥物”，在《回回藥方》中可看到不少方劑內運用此藥。回回藥物輸入的另一途徑是經海路。據元人汪大淵《島夷志略》記載，當時中國商船在同波斯灣地區的貿易中，運回不少藥材，如甘埋里(今伊朗哲朗島)的丁香、豆蔻、蘇木、麝香;撻吉那(今伊朗塔黑里一帶)的水銀、硫黃，加里那(今伊朗西南沿岸)的水銀、蘇木;波斯離(今伊拉克巴土拉)的大風子、肉桂等。元代大量回回藥物的輸入，及一些回回藥物在實際中的應用日益廣泛，促進了當時人們對回回藥物的認識和研究，某些回回藥物并為中國本草學所吸收。逐漸華化為后世所習用的中藥。《飲膳正要》在藥物方面，也注意“本草有未收者，今即采摭附寫”，收載了馬思答吉、必思答等一些回回藥物。

　　除藥物外，當時還有大量回回方劑也輸入中國。《史集》提到，當時有一些峻烈的蒙古藥劑，被稱為“合只兒”，這一名稱的語源來自“合迪兒”。而“合迪兒”一詞為阿拉伯語“偉大”、“強盛”之意(《波其》拉施特《史集》余大均、周建奇譯，第一卷，第一分冊，第三1版，北京：商務印書館，1983：201)，顯然，這類藥劑與阿拉伯醫藥有著密切關系，在《飲膳正要》、《回回藥方》等醫著中，尤其是后者，更收錄了眾多的回回方劑。又如當時蒙古統治者對一種原產于回回地面的校稱為“舍兒別”的糖槳制劑很感興趣。

　　我們知道，糖漿制劑、果實浸劑等是阿拉伯醫生在中世紀時的藥物實用領域中獲得的重要成就，并為阿拉伯醫藥中習用的藥劑。舍兒別即屬元代時興的此類制劑，當時因果品取用之便，元廷下令在閩浙、云南等地專門制造，并作為地方貢物而源源不斷輸入中原。舍兒別一類制劑，至清代趙學敏《本草綱目拾遺》中尚有記載。現存《回回藥方》，(殘卷)是研究元代中外醫藥交流史的一部值得重視的著作，它較為充分地反映了有元一代中外醫藥交流，尤其是與回回醫藥在臨證實踐方面交流的豐碩成果。

　　書中載有一些古回回醫人姓名，從現存殘卷辮識統計，共約20名左右。這些古回回醫人中多有中世記時的阿拉伯醫藥學家。《回回藥方》不但是一部反映元代與阿拉伯的醫藥交流的總結式著作，實質上也是世界范圍內東西方長期醫藥交流與融合在中世紀末的一個寶貴總結，是研究世界醫藥交流史的一部值得重視的中國醫藥文獻。

　　在回回醫藥傳入中國的同時，中國傳統醫藥也在元代西亞、西南亞主要的伊斯蘭國家伊利汗國廣為傳播。旭烈兀西征時，曾征調漢人匠師上千人隨征，其中包括許多中國醫生，并帶去了中國的醫學、歷算等各類書籍，這些醫生有不少人后來留在伊利汗任職，伊利汗國建立后，伊利諸汗十分注意吸取中國科學、醫學、藝術和史學的成就，并對中國文化的西傳充當了重要的媒介。1295年，阿魯渾子合贊繼任第七位伊刊國汗，他非常重視與元朝保持密切關系。合贊年功時即受過中國文化的熏陶，及長，通曉中國史事，并略知漢語。他頗有醫藥知識，熟悉植物及其功用，了解中國特產的草藥。合贊患病時，常讓中國醫生治療，他還注意招致中國學者幫助伊利汗國發展科學文化，如當他命令纂輯《被贊賞的合贊史》一書時，曾由拉施德丞相招致中國學者李大遲與倪克孫二人協助工作，合贊汗的繼任者完者都汗繼續遵循了合贊汗上述發展經濟文化的各項政策。

　　伊利汗國的政治家、醫生兼學者拉施德(Rashidal-Dinal-Hamdani，拉施德·阿爾丁·阿爾哈姆丹尼，1247～1318)，為中國醫學在伊利汗國的傳播付出了辛勤勞動。約于13世紀末、14世紀初，他主持譯編了一部波斯文的中國醫學叢書《伊利汗的中國科學寶藏》，參加編譯工作的醫生和學者，有波斯人、漢人和波斯裔中國人。這部叢書包括四部中國醫著的譯本，第一部是《王叔和脈訣》的全譯本，說明此時阿拉伯醫學對中醫脈學的了解較前代更為深入。后面三部書分別介紹了經絡針灸、本草、疾病防治與養生等內容(參岳家明《中國醫學在伊朗》中華醫史雜志1981：14(1)：28)。這部叢書是較早由域外醫學家和學者在政府支持下有組織地譯編的中國醫學專著，它不僅對當時波斯人民了解中國醫藥文化起了積極的促進作用，在中國醫學向西南亞伊斯蘭地區的傳播史上具有較為重要的意義，也是古代中國與波斯地區各族人民友好往來的歷史見證之一。

　　多種中國藥材也在蒙元時期輸往阿拉伯國家和地區。的阿拉伯藥學家拜塔爾(1197～1248)所著的《藥用植物大全》中。首次收載了大黃、姜、新疆源柏等中藥。大約在13世紀，蒙古人通過西夏和畏兀兒地區，將飲茶的習慣傳到了亞洲西部。前往波斯灣地區貿易的中國商船，運去不少藥材。

　　元代中國醫學在伊利汗國的傳播，加強了中國醫學在阿拉伯地區的影響。元亡后不過半個世紀，鄭和曾三至波斯的忽魯漠斯一地(今位于伊朗東南部的波斯灣旁)，發現該地“醫卜、技藝皆類中華”(清·張延玉等《明史》卷326，PS153，第三者版，中華書局點校本，1976)，這種現象顯然與元代中國醫學在當地的傳播分不開的。另一方面，由于伊利汗國是當時東西方交流的樞紐之地，而阿拉伯醫學又吸收了一些中國醫學的內容，因此阿拉伯醫學還成了向歐洲傳播中因醫學的重要媒介。