3、轉基因大豆及其產品可能對人體產生過敏反應
全世界有近2%的成年人和4%—6% 的兒童發生過食品過敏，而90%的過敏是由蛋、魚、貝殼、奶、花生、大豆、堅果和小麥8種食物引起的 。轉基因大豆由于其引入外部基因所以可能對人體更容易產生過敏反應。世界上一些國家的事實也證實 了轉基因大豆存在一定過敏性。
4、轉基因大豆及其產品可能會影響人體對抗生素產生抗性
轉基因大豆中引入了外部基因 ，如果這些抗生素標記基因進入人體，則有可能轉移到有害的致病菌中，從而使它們產生耐抗生素的能力，降低抗生素的臨床有效性，也可能使人體對很多抗生素產生抗性。
5、轉基因大豆中存在未知DNA，可能帶來新的不安全
人類對轉基因大豆的研究很可能超出人類控制的范圍，轉基因大豆很可能發生人類沒有預料到的變化，當然也可能給人類健康安全帶來新的風險。
美國大豆油生產與我國傳統壓榨法不同，而是采用“油浸法”煉油。所謂 “油浸法”，是用6號汽油泡，然后再加溫蒸發掉汽油。問題是，汽油中含有致癌的雜質，這 些雜質就保留在轉基因大豆油中。轉基因大豆+“油浸法”煉油，吃下這種油會得怪病。尤其 不要給小孩吃，大家千萬小心，盡可能避免吃這種油。現在我國市場上的食用油主要由三大公司生產， 其中美國獨資控股的占60%，到處都是的“金龍魚”食用油就是美國公司生產的。
轉基因食品的確存在五大隱患
一是毒性問題
一些研究學者認為，對于基因的人工提煉和添加，可能在達到某些人們想達到的效果的同時，也增加和積聚了食物中原有的微量毒素。
二是過敏反應問題
對于一種食物過敏的人有時還會對一種以前他們不過敏的食物產生過敏。
