扁桃體的作用是抵御病原菌的侵襲，可以起到一定的免疫功能。但是當扁桃體的免疫功能失去作用，患者就會引起慢性扁桃體炎等疾病的發作，隨著病情進一步的加重，就會引起風濕性關節炎等全身性疾病。

扁桃體的作用很重要，特別對于低齡的兒童，其自身的免疫系統不夠完善，所以扁桃體的免疫功能對于低齡的兒童尤為重要。扁桃體是人體的一個免疫器官，位于口咽部，位于腭舌弓和腭咽弓之間。口咽部是進食和空氣的通道，所接觸到的細菌和病毒首先是接觸到扁桃體。扁桃體就是人體免疫系統的第一道大門，其接觸到病原微生物、細菌或者病毒，就會產生淋巴細胞和抗體，發揮免疫作用。