男性小便時尿道有疼痛原因有很多，例如泌尿系統感、泌尿系統結石、腫瘤、前列腺增生等。

1.泌尿系統感染：例如膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、腎盂腎炎等疾病，會導致男性小便時尿道有疼痛。

2.泌尿系統結石、腫瘤：腎結石、輸尿管結石、膀胱腫瘤、前列腺腫瘤、尿道腫瘤等疾病，也會導致男性小便時尿道有疼痛。

3.前列腺增生：前列腺增生腺體的增生肥大會擠壓膀胱和尿道，也有可能導致男性小便時尿道有疼痛。

男性小便時尿道有疼痛，有可能還有其他原因，建議及時去醫院檢查，明確病因積極治療。