兒童病毒性腦炎輕重差別很大，很多都是急性起病的。有的孩子出現高熱，有的孩子會出現低熱，大多數孩子會出現頭痛、嘔吐、精神萎靡不振、困倦、懶睡。

有的小孩子還會出現皮疹，一些重癥的病毒性腦炎可能會出現抽風、煩躁不安、肢體癱瘓、呼吸節律不規整。

如果沒有得到及時有效的治療，病情進展是非常快的。有可能迅速的進入昏迷狀態。雖然經過積極的搶救治療，仍然會很快的死亡。

這是病毒侵犯大腦引起了一系列損傷的情況，特別是一旦病毒性腦炎侵犯到腦干，會影響人的呼吸中樞，所以有可能會引起患兒的突然死亡。