皰疹性咽峽炎四個時期分別為潛伏期、前驅期、水皰期和愈合期。

1、潛伏期

潛伏期持續約1-2周，指的是感染后病毒在體內復制，但尚未引起明顯癥狀的時期。此時患者已經具有傳染性，但無癥狀。

2、前驅期

在潛伏期之后，患者會進入前驅期，持續約1-2天，患者可伴隨發熱、頭痛、喉嚨痛等輕微癥狀。此時口腔黏膜開始出現病變的跡象，如輕微充血和咽部不適。

3、水皰期

前驅期后會進入水皰期，是皰疹性咽峽炎具特征性的階段。此時口腔黏膜上可伴隨小水皰，尤其是咽腭弓、腭垂的黏膜上。水皰可能破裂，形成淺潰瘍，并伴有嚴重的疼痛感，可能影響進食和吞咽。

4、愈合期

水皰期之后會進入愈合期，此時潰瘍開始愈合，疼痛逐漸減輕。大約1-2周后，皰疹和潰瘍可基本消失。