沙眼衣原體從抗原性上可分為A、B、C、Ba、D、E、F、G、H、I、J、K等12型。流行地區的沙眼是由A、B、C及Ba型所致，其他各型則引起生殖泌尿系感染及包涵體性結膜炎。有的作者稱前組各型為流行性沙眼衣原體組，后組各型為眼、生殖泌尿衣原體組。

　　沙眼衣原體在其生活周期中有2個生物相，即原體和始體。原體elementary body是感染相，大小約0.3μm，具有細胞壁，可存活于細胞外。始體initial body亦稱網狀體reticulate body是繁殖相，體積較大，約0.8μm，無傳染性。原體侵入宿主細胞后，在胞漿內發育轉變為始體，以二分裂方式，形成子代原體。胞漿內充滿后則破裂釋放出原體，游離的原體再侵入正常的上皮細胞，開始新的周期。每一周期約為48h。

　　發病機制

　　沙眼衣原體易侵犯柱狀上皮細胞如尿道、子宮頸內膜、子宮內膜、輸卵管皺襞上皮、眼、鼻咽及直腸黏膜并引起病變，不侵犯陰道扁平上皮，故感染后僅寄生于陰道但不引起陰道炎。

　　一般來說，急性的感染時機，機體的反應是較為輕微且沒有癥狀的，而且臨床上沒有急性期。除了衣原體本身可以導致病變之外，機體的免疫反應也參與了發病，衣原體膜上的LPS可誘發機體免疫反應，其代謝產物亦可引起機體的變態反應，但由于病原體寄生于細胞內可逃避免疫防衛作用。

　　病原體在細胞內持續感染及繁殖，并不斷感染新的細胞，造成人體內反復持續感染。急性感染時局部主要是中性多核細胞反應，慢性或再感染則引起單核細胞反應。長期反復的炎癥病變，加之機體的免疫反應，可導致瘢痕形成。

　　預防沙眼好的方法是講究衛生，不用公共毛巾，用流水洗臉。旅店、浴池、理發館和托兒所、幼兒園工作的人員應特別注意做好個人衛生，將洗臉用具消毒后再使用，以防止傳染沙眼。