風疹病毒可引起腦炎、腦組織水腫、非特異性血管周圍浸潤、神經細胞變性及輕度腦膜反應，也可于感染十幾年后由于慢性持續性病變而導致慢性全腦炎。
先天性風疹的發病原理還不太清楚，已知孕婦感染風疹后，風疹病毒可于病毒血癥階段隨血流感染胎盤后感染胎兒。
胎盤絨毛膜被感染后有較持久的小血管和毛細血管壁廣泛受累的現象。
母親越在孕齡早期被感染風疹，胎兒被感染的機會越多，孕齡第1個月時，10%～50%被感染，第2個月時10%～30%，第3個月時5%～20%，第4個月時1%～5%，以后仍可能有少數胎兒被感染。
由于胎兒，特別被風疹病毒感染后的胎兒缺乏細胞免疫功能及不產生干擾素等事實，風疹病毒在體內長期廣泛存在，并隨胎兒細胞分裂、增生時侵入下一代細胞，不斷增生傳代，形成持續、多器官的全身感染，并由此產生多樣的先天性缺陷癥狀，故稱為先天性風疹綜合征。
多見的有白內障、神經性耳聾、先天性心臟病、腦膜腦炎、心肌壞死、間質性肺炎、巨細胞肝炎、腎炎、尿道下裂等。此類新生兒出生后持續排毒數月甚至數年。
也有不少生后未出現明顯癥狀，但經血清學檢查證明胎內時已被風疹病毒感染。近年研究一再揭示先天性風疹患兒常有進行性異常免疫反應。
