咖啡是目前被人類使用久卻又誤解多的飲料，許多新的研究報告顯示，在許多方面，咖啡因對人體并沒有過去想象中有健康的危害;反之，咖啡中一些的成份對于人體有很多的保健功效，都慢慢科學家發現。目前，已知道咖啡的特殊成份對人體的生理反應如下：
抗氧化的效果：咖啡中含有豐富的咖啡因、咖啡酸、綠原酸等成份，可以有效對抗威脅我們身體健康的自由基，而自由基是造成許多疾病(如心肌病變、動脈硬化、中風、肺氣腫、巴金森氏癥)的主因。自由基過多會使身體代謝受到影響，破壞細胞進而使得器官組織受影響。
保護心臟血管的功能：咖啡含有高成份的多酚化合物，這一類化合物是強力的抗氧化齊，能延緩低密度脂蛋白的氧化時間高達三倍，可以溶解血液凝塊及阻止血栓的形成;咖啡還可以增強血管收縮，避免血管擴強而頭痛。此外，少量的咖啡也可以增強心肌收縮能力，促進血液循環，達到預防心血管疾病的作用。
提神醒腦：咖啡所含的咖啡因會刺激腦部的中樞神經系統，延長腦部清醒的時間，使思路清晰、敏銳，且注意力較為集中，可提高工作及學習的效率。
抗憂郁：少量的咖啡可使人精神振奮，心情愉快，紓解憂郁的現象。
