大拇指指甲凹凸不平的原因有多方面，首先考慮是人體缺乏營養元素，如鈣、鐵、維生素等；其次是秋冬季節寒冷，血管收縮影響末梢循環；最后考慮是真菌感染引起的，如灰指甲等。

大拇指指甲凹陷不平，有可能是真菌感染，可以使用一些抗真菌的藥物進行口服，還有可能是因為指甲營養不良導致的，造成這種現象原因，有可能是指甲，末梢血液循環不暢。建議您應該去正規醫院的皮膚科進行檢查，看到底是哪一種情況引起的，并進行針對性的治療。