肛瘺手術過程中并不會感到疼痛，睡前需要打麻藥的，術后麻藥失效后，會感到疼痛，因為每個人的疼痛閾值不同，術后疼痛的等級大概能達到3-6級左右。一般都是可以忍受的，疼痛是術后前三天疼痛最為嚴重。

根據你提供的信息，肛瘺手術分為低位肛瘺和高位肛瘺，不同的手術方式所產生的疼痛也是不盡相同的。對于低位肛瘺一般位置比較淺，疼痛相對來說比較輕，疼痛感對于個人疼痛的閾值有一定的影響。高位肛瘺因為手術的切口位置比較深，在術后疼痛相對于低位肛瘺來說比較嚴重一些。無論是哪種手術，在手術期間，由于打麻醉一般都是可以忍受的，手術早期由于切開了肛門括約肌，疼痛也不是很重，術后如果不不進行肛瘺掛線切除術，那么疼痛也不劇烈。但如果做了肛瘺以后的掛線，往往在10到14天左右，掛線切割時會感覺非常疼痛，疼痛可以達到四分到七分。同時，肛瘺手術在后期的疼痛主要是由于切口感染引起的，這種感染疼痛程度不同，因人而異，只要是清洗傷口，多吃蔬菜水果，避免吃辛辣刺激的食物種疼痛都是可以緩解的。