肛管直腸周圍膿腫在臨床上也俗稱為肛周膿腫。其發病原因大部分是由于肛腺感染導致的，其次是肛周皮膚感染、損傷、異物、藥物注射和手術后并發感染造成。極少部分病人可繼發于其他疾病，比如克羅恩病、潰瘍性結腸炎、糖尿病、白血病等。為了更清楚的明確其發病的機制，需要更好的去理解肛腺，肛腺開口于肛竇，肛竇是在肛管內，開口是向上的。糞便特別是稀便非常容易進入到肛竇，干便也很容易損傷肛竇而至肛竇炎。如果肛竇炎沿著肛腺管進入到肛腺，那么就會造成肛腺感染因此引發肛管直腸周圍膿腫。